化学键合相色谱法是由液液分配色谱法发展起来的。固定液的流失也使分配色谱法不适用于梯度洗脱操作。为了解决固定液的流失问题，人们将各种不同的有机官能团通过化学反应键合到硅胶（载体）表面的游离羟基上，生成化学键合固定相，并进而发展成键合相色谱法。
化学键合固定相对各种极性溶剂都有良好的化学稳定性和热稳定性。由它制备的色谱柱柱效高，使用寿命长、重现性好、几乎对各种类型的有机化合物都呈现良好的选择性，特别适用于具有广范围容量因子的样品的分离，并可用于梯度洗脱。
根据键合固定相与流动相相对极性的强弱，可将键合相色谱法分为正相键合相色谱法和反相键合相色谱法。在正相键合相色谱法中，键合固定相的极性大于流动相的极性，适用于分离油溶性或水溶性的极性和强极性化合物。在反相键合相色谱法中，键合固定相的极性小于流动相的极性，适于分离非极性，极性或离子型化合物，其应用范围比正相键合相色谱法更广泛。据统计，在高效液相色谱法中，70%-80%的分析任务皆是由反相键合相色谱法来完成的。
使用键合固定相应注意的问题
1、硅胶键合相的稳定性
键合相的使用寿命取决于键合的有机官能团在硅胶表面的覆盖程度，显然，覆盖量大或呈多分子覆盖层时，会增加其稳定性。
通常正相键合相的稳定性要低于反相键合相。
反相烷基键合相的稳定性与使用流动相的pH值相关，通常水溶液的pH值应保持在2-8之间，pH大于8会引起基体硅胶的溶解。pH小于2，键合的硅烷会被水解从柱中洗脱下来。
此外，硅胶中含有的痕量金属离子杂质也是引起色谱峰形拖尾和损失色谱分离度的来源之一。它们在硅胶表面产生的活性吸附位比硅胶表面游离的硅醇基大50倍。因此用于制备键合相的硅胶应使用高纯度产品，其痕量金属含量应低于0.1%，若含量偏高，应在进行硅烷化键合之前，先用盐酸处理，使金属含量减少1/3以上，再用EDTA处理硅胶，以进一步除去能够增强残留硅醇基活性的金属杂质。
2、 键合相色谱分离的重现性
使用键合相时经常会遇到，同一类型的键合相，因生产厂家不同，或生产批号不同，而表现出不同的色谱分离特性，为此应在实验室中准备一定数量相同批号的键合固定相（色谱柱），以保证分析结果有良好的重现性。
对各种型号的键合相，由于制备时选用基体硅胶特性的差异，及键合反应时官能团覆盖量的不同，会产生“载体诱导选择性的变化”，导致分离选择性的不同。
3、键合相色谱分离的选择性
在反相色谱中，使用同一种ODS固定相，并用两种极性参数相近，但由不同溶剂组成的流动相时，会由于“溶剂诱导选择性的变化”，而获得不同的分析结果。如下图，表明在µ-Bondapak ODS固定相上分离山梨酸和苯甲酸，使用40%甲醇-水溶液二者不能分开，若选用极性参数P’相近的32.5%四氢呋喃-水溶液，二者可完全分离。
4、键合相色谱柱的再生
使用键合相色谱柱时，由于大量极性或非极性样品的连续注入，会引起固定相对样品的吸附、缔合等不良效应，而使色谱柱分离性能变差，引起峰形加宽或拖尾等现象。此时应及时对色谱柱进行再生处理。
